Hondralna ili indirektna osifikacija složen je proces koji se zbiva u nekoliko faza, pri čemu se iz hrskavičnog modela razvija prava kost (duge kosti). U ranome fetalnom razdoblju počinje zgušnjavanje i proliferacija mezenhimalnih stanica koje se ubrzo transformiraju u hondroblaste i počinju lučiti amorfnu međustaničnu tvar (hrskavični model buduće kosti). Na površini hrskavične osnove mezenhimalne stanice se transformiraju u fibroblaste i u matične koštane stanice i čine perihondrij. U određenoj se fazi razvoja matične koštane stanice u području dijafize transformiraju u osteoblaste koji oko hrskavice stvaraju tanki cilindrični osteoidni omotač iz kojeg mineralizacijom nastane koštana manšeta, a perihondrij prelazi u periost. Stvaranjem koštane manšete završava faza okoštavanja koju označujemo kao perihondralna osifikacija. Postupno se proces osifikacije po površini hrskavice širi prema epifizama kostiju. Iz krvnim žilama bogatog periosta u početku mineralizacije odvaja se arterijski ogranak koji uraste u hrskavicu (osifikacijski pupoljak), a s njim dolaze i osteoblasti. Nastankom osifikacijskog pupoljka proces se osifikacije širi u unutrašnjost hrskavice koja se počinje mijenjati i nastaje primarni osifikacijski centar (enhondralna osifikacija). Proces osifikacije postupno se širi unutar hrskavice u smjeru distalnih i proksimalnih epifiza.